ปัญหาสำคัญทางการเมืองของบุรุนดี ได้แก่ ความขัดแย้งทางชาติพันธุ์ระหว่างชาว Tutsi ซึ่งแต่เดิมเป็นชนชั้นปกครอง (aristocracy) และชาว Hutu ซึ่งเคยเป็นชนชั้นใต้ปกครอง (vassal) และเป็นชนกลุ่มใหญ่ของประเทศ ซึ่งได้นำไปสู่ความรุนแรงในอดีต และยังคงเป็นปัจจัยสำคัญในการเมืองภายในของบุรุนดี • เมื่อวันที่ 13 พ.ค. 2558 ได้มีการพยายามก่อการรัฐประหาร ปธน. Nkurunziza โดยอดีต ผอ. ข่าวกรองบุรุนดีเนื่องจากไม่พอใจต่อการประกาศลงรับเลือกตั้งเป็นสมัยที่ 3 ของ ปธน. แต่ไม่สำเร็จ อย่างไรก็ดี ภายหลัง ปธน. Nkurunziza ได้รับเลือกตั้งเป็นสมัยที่ 3 เมื่อวันที่ 21 ก.ค. 2558 ตามคาดการณ์ สถานการณ์ความขัดแย้งทางการเมืองระหว่างฝ่ายรัฐบาลกับฝ่ายค้านและกลุ่มผู้ต่อต้านรัฐบาลยังคงมีความรุนแรงและเปราะบาง โดยจนถึงปัจจุบัน มีผู้เสียชีวิตแล้วกว่า 120 คน และมีผู้อพยพออกนอกประเทศแล้วกว่า 190,000 คน
• ไทยเคยส่งทหารช่าง 3 ผลัด จำนวนรวม 525 นาย เข้าร่วมภารกิจรักษาสันติภาพในบุรุนดี (UNOB) ระหว่างปี 2547-2549
• ในช่วงปี 2551-2552 ดร.กฤษณาฯ ได้จัดทำโครงการถ่ายทอดเทคโนโลยีการผลิตยามาลาเรียให้แก่รัฐบาลบุรุนดี ในนามรัฐบาลไทย
• สพร. และมูลนิธิขาเทียมในสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนีได้จัดอบรมการทำขาเทียม พร้อมมอบเครื่องมือ อุปกรณ์ และวัสดุการทำขาเทียมให้แก่บุรุนดี