ตามที่ได้มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ แต่ตั้งเอกอัครราชทูตสมชัย จรณะสมบูรณ์ ให้ดำรงตำแหน่งเป็นเอกอัครราชทูตไทยประจำเอสโตเนียอีกตำแหน่งหนึ่งนั้น เมื่อวันที่ 30 พฤษภาคม 2556 เอกอัครราชทูตสมชัย จรณะสมบูรณ์ ได้ยื่นพระราชสาส์นตราตั้งต่อนายโทมัส เฮนดริก อิลเวส (Toomas Hendrik IIves) ประธานาธิบดีแห่งสาธารณรัฐเอสโตเนีย ที่ทำเนียบประธานาธิบดี กรุงทาลลินน์ สาธารณรัฐเอสโตเนีย โดยมีนางวิยะดา จรณะสมบูรณ์ ภริยาเอกอัครราชทูตเข้าร่วมในพิธีด้วย ในการนี้เอกอัครราชทูตสมชัยฯ ได้สนทนากับประธานาธิบดีเอสโตเนียในประเด็นต่างๆเกี่ยวกับความสัมพันธ์ระหว่างประเทศไทยกับเอสโตเนีย ในด้านการเมือง เศรษฐกิจ และสังคม ซึ่งทั้ง 2 ประเทศมีศักยภาพที่จะขยายความร่วมมือในสาขาต่างๆให้มากยิ่งขึ้น โดยเฉพาะด้านเทคโนโลยีสารสนเทศและการท่องเที่ยว เป็นต้น

     ในโอกาสที่เดินทางไปยื่นพระราชสาส์นตราตั้งเป็นเอกอัครราชทูตไทยประจำเอสโตเนียอีกตำแหน่งหนึ่งนั้น เอกอัครราชทูตสมชัยฯ ได้เข้าพบหารือข้อราชการกับเอกอัครราชทูตเอสโตเนีย ประจำประเทศไทย รองปลัดกระทรวงการต่างประเทศเอสโตเนีย ผู้บริหารหน่วยงาน Enterprise Estonia และได้พบปะชุมชนไทยในเอสโตเนียด้วย