เมื่อวันที่ ๒๗ มีนาคม ๒๕๕๗ นายสุรพงษ์ โตวิจักษณ์ชัยกุล รองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ ให้สัมภาษณ์สื่อมวลชนเกี่ยวกับความคืบหน้ากรณีเรือประมงไทยถูกกล่าวหาว่าจับกุมตัวทหารเรืออินโดนีเซีย

รองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศกล่าวว่า กระทรวงการต่างประเทศได้รับแจ้งจากหน่วยงานความมั่นคงว่า ตามที่ศาลได้ออกหมายจับลูกเรือประมง ส. นาตยน ๗ จำนวน ๑๒ รายนั้น ขณะนี้ได้จับกุมลูกเรือประมงที่เป็นผู้ต้องหาบางรายแล้ว โดยลูกเรือประมงกลุ่มดังกล่าวรับสารภาพว่าได้จับกุมทหารเรืออินโดนีเซียและทำร้ายร่างกายจนเสียชีวิต ก่อนที่จะโยนศพลงทะเล

ทั้งนี้ เจ้าหน้าที่ตำรวจได้สอบสวนลูกเรือประมงที่เกี่ยวข้อง และจะเร่งจับกุมผู้ต้องหาเพื่อนำมาดำเนินคดีต่อไป และหากทางการอินโดนีเซียประสงค์ที่จะให้มีการโอนผู้ร้ายข้ามแดน ทางการไทยจะประสานและดำเนินการตามขั้นตอนกฎหมายที่เกี่ยวข้อง

อนึ่ง ตามที่มีการเสนอข่าวว่าทางการอินโดนีเซียได้สั่งห้ามเรือประมงไทยเข้าน่านน้ำอินโดนีเซียนั้น กระทรวงการต่างประเทศได้ตรวจสอบกับสถานเอกอัครราชทูต ณ กรุงจาการ์ตาแล้ว ทราบว่าข่าวดังกล่าวมีความคลาดเคลื่อน รัฐบาลอินโดนีเซียไม่ได้มีคำสั่งห้ามเรือประมงไทยเข้าทำประมงในน่านน้ำอินโดนีเซียแต่อย่างใด เพียงแต่ดำเนินการตรวจสอบ (inspection) ตามมาตรการที่เข้มงวดมากขึ้นเท่านั้น